Los forenses iniciaron su trabajo el 6 de septiembre y el mismo se desarrolló en parte de las cajas de madera en la que se apilan 40.000 cuerpos. Estas están identificadas con un número de registro y junto a ellas hay otros que están en cajas comunes que contienen restos de seis o siete personas identificados por su lugar de procedencia. Los forenses comprobaron que los cofres se han pudrido por la humedad y que no es posible ni retirar un cuerpo determinado ni, siquiera, sacar una caja en concreto, lo que hace absolutamente imposible distinguir unos restos de otros.
Por si ello ya no fuese un impedimento insalvable, el coste de la identificación de estos 40.000 represaliados ascendería a unos 16 millones de euros ya que cada identificación de ADN con garantías judiciales es de 400 €.
En el mismo reportaje, Interviu informa de que la bandera de España que Franco mandó incluir en los frescos de la cúpula de la basílica está tapada con una tabla de madera, puesto que no fue posible borrarla de acuerdo con lo ordenado por la Ley de Memoria Histórica, que prohíbe la exhibición de símbolos predemocráticos en cualquier espacio público.